Invisibles accesibles

[MACnolo]

Me ha pasado una cosa curiosa, anteriormente ya me pasó con Panther:
He hecho copia de seguridad de todo el sistema a otro disco duro de mayor capacidad para quitar el menor y así usar el mayor como disco de arranque.
Al reiniciar y después de reparar permisos y comprobar que todo funciona bien me he dado cuenta de que en la raíz del disco duro aparecen alias de las carpetas etc, tmp y var, con lo cual resultan perfectamente accesibles.
A pesar de haber eliminado los alias y haber reparado permisos de nuevo, siguen persistiendo en aparecer una y otra vez.

Aunque no me molesta que estén ahí me gustaría saber el por qué de esto, pues si por defecto no debieran estar ahí, no me explico por qué al hacer copia del disco sí que aparecen.
También he notado que cada vez que reparo permisos hay muchos cambios de los mismos en los widgets, cuando antes de la copia no aparecía ningún mensaje acerca de ellos.
¿Podría tratarse de algún bug del sistema o de algo que no haya salido bien durante la copia?
Aparentemente todo funciona con normalidad y no he tenido que volver a poner claves ni de programas ni del sistema.

Gracias, un saludo.